扬州大学兽医学院（比较医学研究院）具有悠久的办学历史，最早可追朔到1902年由我国爱国实业家张謇创建的通海农学堂，1952年在扬州组建而成苏北农学院畜牧兽医系。追溯历史，已经历了近120年的演变和发展过程，在扬州办学也有近70年。1992年，江苏农学院等驻扬7所院校合并成立了扬州大学，该系更名为扬州大学农学院畜牧兽医系，1994年该系分设成动物科学系和动物医学系，1998年扬州大学依据学科群将动物科学系和动物医学系两系从农学院中划出，组建为扬州大学畜牧兽医学院，2003年12月扬州大学进行机构改革和院系调整，将畜牧兽医学院分设成动物科学与技术学院和兽医学院，扬州大学兽医学院正式成立。扬州大学比较医学研究院于2016年4月成立，挂靠在扬州大学兽医学院。

学院现有教职工165人，其中专任教师118人，中国工程院院士1人，国家千人1人，国家万人1人，国家“杰青”获得者2人，国家“优青”获得者1人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选3人；教授50人，副教授38人，博士生导师34人，硕士生导师118人；全国模范教师1人，全国优秀教师1人，国家级有突出贡献中青年专家 2人，享受政府特殊津贴3人；青年教师中有教育部青年骨干教师、江苏省“333工程”培养对象、江苏省特聘教授、江苏省优秀青年骨干教师、江苏省“青蓝工程”学术带头人、江苏省优秀青年科技工作者等。

学院现有兽医学一级学科博士学位授予权，设基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学、兽医生物信息学、人兽共患病学、兽医公共卫生、实验动物学与比较医学等7个二级学科博士学位授权点，有动物学、微生物学、基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学、兽医公共卫生、人兽共患病学、兽医生物信息学、实验动物学与比较医学等硕士学位授权点，有兽医博士、兽医硕士专业学位授予权，并设有兽医学博士后流动站。学院设有农业部畜禽传染病学重点开放实验室、教育部禽类预防医学省部共建重点实验室、江苏省动物预防医学重点实验室、江苏省人兽共患病学重点实验室、教育部新型兽用疫苗工程研究中心、江苏省转基因动物制药工程研究中心和江苏省实验动物种子供应站。兽医药理及毒理学实验室被农业部确定为4个全国新兽药特殊毒性试验单位之一，学院被农业部确定为饲料和饲料添加剂安全性评价机构。2000年基础实验室通过省级评估，2001年动物医学专业实验室也以优良成绩通过学校的评估。

学院设动物医学、动植物检疫和实验动物学和兽医公共卫生等四个本科专业，面向江苏省及全国多个省市招生。其中，兽医公共卫生专业为2021年度获批新增本科专业。动物医学专业2005年被确定为江苏省第一批品牌专业，2007年被教育部确定为全国高等学校特色专业建设点、兽医人才培养模式创新实验区。2009年动物医学实验教学中心被确定为江苏省实验教学示范中心建设点并于2012年通过验收，2012年被确定为江苏省“十二五”高等学校重点专业，2014年获批教育部、农业部卓越农林人才培养计划试点项目（拔尖创新型），2015入选江苏高校品牌专业建设工程一期项目。2019年动物医学专业入选国家一流专业建设点。长期以来，动物医学及动植物检疫专业以国家级、省级重点学科为依托，建有完整的国家级、省级和校级精品课程体系，拥有一支高水平师资队伍，取得了一批重要的教学科研成果，《动物传染病学》、《兽医微生物学》两门课程被评为国家精品课程、国家精品课程共享课，并入选国家一流课程。动物医学专业、兽医人才培养模式创新实验区被列为教育部“质量工程”建设项目。